益生菌的好處
因為益生菌生長在腸道，所以大家首先想到的益生菌好處可能是改善腸胃功能，但其實腸道益生菌跟我們身體的免疫系統也很有關係，所以不只是胃腸本身，跟免疫系統相關的問題，其實益生菌都能發揮一定的功效。
胃腸道疾病
- 腹瀉
- 發炎性腸病（如克隆氏症、潰瘍性大腸炎）
- 脹氣
- 便秘
- 嬰兒的腸絞痛
牙齒疾病
- 牙周病
過敏相關
- 異位性皮膚炎
- 過敏性皮膚炎
協助肝臟解毒
- 肝昏迷、肝腦病變
泌尿道問題
- 女性私密處感染
根據美國國家衛生研究院（NCCIH）整理的文件指出，眾多實驗已經證實，益生菌在預防抗生素相關性的腹瀉、預防，比如在接受抗生素治療後，因為腸道菌叢變少而腹瀉的人，甚至是感染了特殊細菌而引起腹瀉的人都有一定的療效。
而包括牙周病的治療、皮膚炎，或是協助肝臟解毒，也有相當的效果。比如協助肝臟解毒，是因為腸道的菌叢不平衡，糞便累積的毒素會流到肝臟，造成肝臟毒性，甚至引起腦部的昏迷，所以利用益生菌改善腸道的菌叢，可以防止肝臟中毒。
益生菌跟免疫系統的關係
中研院生物醫學科學研究所研究員謝清河說，在他的研究中，腸道益生菌、尤其是乳酸菌，能啟動免疫球蛋白，幫助心臟修復，預防突發性的心肌梗塞。
而腸道菌叢不平衡，會造成腸道粘膜的破壞，益讓黏膜縫隙變大，導致食物的大分子、代謝廢物跑到腹腔內，引起腸漏症，造成過敏、消化不良、免疫疾病；這時如果補充好菌叢，抑制壞菌的生長，就可以逐漸平衡回來。
益生菌應該這樣吃
謝清河說，像是他發現乳酸菌可以啟動代謝產物短鏈脂肪酸，引起免疫系統的單核球細胞增加，但只吃一種的乳酸菌，效果就不如吃多種來得好。
美國國家衛生研究院也發現，消化道中的食物和腸道的微生物也會相互作用，在菌叢代謝的過程中會產生具有保健功效的物質；而只有單一的菌叢，互相作用的效果就會比較弱。
而益生菌的種類繁多，在腸道內的數量也很多，而且就像每個人的基因一樣，不同人的腸道菌生態也不相同，各自負責不同的功能，所以如果吃其中幾種，感覺沒有太多差異，建議可以換不同種的益生菌來吃。
正確補充益生菌的方式
- 吃多菌種，最好可以吃3~5種左右，每種10億隻以上（吃太多種，會導致益生菌沒有位置生長）。
- 懂得補充益生菌的食物（益生元），也就是膳食纖維，五穀雜糧、蔬菜水果中都有。
- 固定吃3個月以上，讓菌叢能有生長的時間。
- 如果吃3個月後沒有特別改善，可以換不同種的益生菌來吃，抽絲剝繭，找出自己最適合、最有效的益生菌菌種。
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